Už vyřešeno. Nastavil jsem rewrite pravidlo na jiném serveru na který se DNATuje port 80, aby URL http://server-dns-name/well-known/* interně přesměroval na server, kde potřebuju provést ACME challenge a získat certifikát. Funguje to a takhle mi to zatím stačí, ale kdyby přecijen existoval lepší způsob, tak sem s ním.